Hububat siloların da fümigasyon, siloların yapılış özelliğine göre değişiklikler gösterir. Derin silolar genellikle elevatörlü silolardır. Bu tip silolarda hububat bir silodan diğerine aktarılırken mayi, tablet veya toz haldeki fümigantlarla akış sırasında karıştırılarak veya püskürtülerek gazlanır. Derin silo fümigasyonunda en önemli husus; tatbik edilen fümigantın derinlikle mütenasip bir nüfuz kabiliyeti olup olmadığının dikkate alınmasıdır. Eğer ürünün tamamı enfekteli ise, tabakalar halinde fümigasyon yapmak gerekir. Aksi halde ya üstten fümigant pülverize etme suretiyle satıh veya enfeksiyonlu kısımlara sonda ile ulaşarak nokta fümigasyonu yapılır.
Düz depo veya derin olmayan silolardaki ürün, yığının altından ve üstünden 50 cm.lik tabaklar dışındaki ara kısma özel sonda aletleri ile tabletlerin bırakılması suretiyle ilaçlanır. Bu şekil uygulama sonda aleti ile dipten itibaren dökme hububatın değişik derinliklerine tabletlerin kademeli olarak bırakılması ile yapılır. Derinliği 3,5 m.yi aşmayan silolarda alüminyum fosfit veya alüminyum fosfitteki bazı eksik ve olumsuz özellikler giderilerek geliştirilmiş olan magnezyum fosfit aktif maddeli preparatlarla da bu uygulama başarılı olarak yapılabilir.